Pod koniec lat pięćdziesiątych do grupy zagranicznych instytucji naukowo-badawczych, a zarazem kulturalnych działających na terenie Rzymu, przybyła nowa placówka – Instytut Studiów Kościelnych. Jej organizatorem z ramienia ks. kard. Stefana Wyszyńskiego, Prymasa Polski był przedwcześnie zmarły ks. Eugeniusz Reczek, jezuita (1917-1971), współorganizator i pierwszy kierownik powstałego wcześniej przy Katolickim Uniwersytecie Lubelskim Ośrodka Archiwów, Bibliotek i Muzeów Kościelnych.

W ramach planowanych prac wyżej wymienionego Ośrodka ks. Reczek wyjechał pod sam koniec 1957 r. za granicę z zadaniem zorientowania się w możliwościach i formach odzyskania archiwaliów polskich rozproszonych po wielu zbiorach zagranicznych a zwłaszcza w archiwach Stolicy Apostolskiej. Zapoznał się równocześnie z organizacją podobnych instytucji w Europie Zachodniej i Stanach Zjednoczonych.

Poszukiwania źródłowe rozpoczął od systematycznej kwerendy w archiwach watykańskich i Bibliotece Watykańskiej. W wyniku wstępnej umowy (grudzień 1962), księża jezuici z prowincji warszawskiej podjęli się zorganizowania stałej placówki, której ks. Prymas zapewnił pomoc w staraniach o konieczne finanse. Przez pierwsze 10 lat siedziba Instytut znajdowała się w centrum starożytnego Rzymu, przy via Mecenate 37.

Podstawowym zadaniem nowego ośrodka były systematyczne poszukiwania, rejestracja i możliwie szybkie udostępnianie zebranej i wstępnie opracowanej dokumentacji naukowcom w kraju. Oprócz poszukiwań archiwalnych nie mniej pilną sprawą okazała się kwestia informowania obcokrajowców o sytuacji Kościoła w Polsce, pomoc osobom studiującym i coraz liczniej przybywającym stypendystom, tak duchownym jak i świeckim. Tak doszło do zorganizowania biblioteki i w ogóle czegoś w rodzaju ośrodka kulturalnego w Wiecznym Mieście. W krótkim czasie ks. Reczek zgromadził znaczne zbiory biblioteczne, otworzył czytelnię, rozpoczął organizowanie regularnych konferencji, prelekcji, odczytów i wystaw, utworzył własne wydawnictwo (pod firmą Instytutu ukazało się ponad 100 pozycji). Wreszcie nawiązał kontakty z innymi polskimi placówkami polskimi poza krajem oraz innych państw o podobnym profilu.

Po śmierci ks. Reczka kierownictwo Instytutu objął ks. Hieronim Fokciński, jezuita (1937-2018).

Współpraca z instytucjami naukowymi w kraju, zwłaszcza historycznymi, bibliotekami i archiwami, początkowo bardzo utrudniana przez panujący system polityczny, po ustaniu sztucznych przeszkód, znacznie się rozwinęła, zwłaszcza z instytucjami państwowymi. Podjęto szereg wspólnych inicjatyw.

Instytut realizując swoje zadania statutowe, od początku – i tak jest do dzisiaj – w pierwszej kolejności służył informacjami, zebranymi materiałami w postaci mikrofilmów, fotokopii oraz zbiorów bibliotecznych – długo niedostępnych w kraju – i wreszcie doświadczeniem badawczym i nawiązanymi kontaktami. Służył tym, którzy się zwracali bezpośrednio, zarówno badaczom indywidualnym jak i ośrodkom i instytucjom naukowym. Dużą wagę przywiązywano zawsze do współpracy ze środowiskami niepolskimi i obsługi obcokrajowców nie znających często języka polskiego, ale z takich czy innych racji interesujących się się Polską i Kościołem w Polsce. Po wyborze Polaka na Stolicę Apostolską na długi czas był to dominujący rys działalności.

W Warszawie, przy ul. Rakowieckiej 61, przy jezuickim Wydziale Teologicznym, od roku 1976 czynny jest punkt Konsultacyjny, filia Instytutu rzymskiego, spełniający podobne zadania w ramach udostępniania źródeł archiwalnych (głównie mikrofilmów i fotokopii), repertoriów, katalogów i kartotek, informacji naukowej oraz pośredniczący w nawiązywaniu kontaktów i w różnorodnych formach wymiany.